MNEXT > Vacatures > Bio-informatica: Analyse van Bacteriële Gemeenschappen; Vergelijking van Volledige Metagenomische en 16S-analyses met Nanopore Sequencing
Stage

Bio-informatica: Analyse van Bacteriële Gemeenschappen; Vergelijking van Volledige Metagenomische en 16S-analyses met Nanopore Sequencing

Het belangrijkste doel van dit stageproject is het analyseren van verschuivingen in bacteriële gemeenschappen met behulp van een bestaande metagenomics-pijplijn en een 16S-pijplijn, en deze twee methoden te vergelijken om de beste resultaten te verkrijgen. Indien gewenst kun je ook zelf de 16S-sequencing uitvoeren met Oxford Nanopore Sequencing. De 16S-pijplijn moet worden ontwikkeld, en de metagenomics-pijplijn kan indien nodig worden aangepast.
Startdatum 03 februari 2025
Ervaring Meewerkstage
Locatie Breda
Solliciteren

Projectbeschrijving

  1. Literatuuronderzoek en theoretische achtergrond:
    • Begrijpen wat PHA is.
    • Inzicht krijgen in ONT-sequencing en de verschillen tussen volledige metagenomische sequencing en 16S rRNA-gensequencing.
    • Basiskennis opdoen over bacteriële gemeenschappen.
  2. Bio-informatica-analyse:
    • Uitvoeren van kwaliteitscontrole op alle sequencedata, gebaseerd op literatuur.
    • Analyseren van de metagenomics-data en begrijpen van de bestaande pijplijn.
    • Ontwikkelen van een eigen 16S-pijplijn en vergelijken van bestaande 16S-tools.
    • Interpreteren van sequencedata met bestaande en nieuwe bio-informatica-tools om de bacteriesoorten te identificeren.
  3. Vergelijkende analyse en rapportage:
    • Vergelijken van de prestaties van de metagenomics- en 16S-pijplijnen op basis van efficiëntie, tijd en inhoud van de microbiële gemeenschap.
    • Documenteren van experimentele procedures, resultaten en analyses in een gedetailleerd projectrapport.

Verwachte resultaten

  • Een pijplijn voor een beter begrip van microbiële gemeenschappen (uit PHA-monsters) via 16S.
  • Een vergelijking van de 16S- en metagenomics-pijplijnen.
  • Een uitgebreid projectrapport met aanbevelingen voor de beste pijplijn.

Vaardigheden en competenties die worden opgedaan

  • Praktische ervaring met bio-informatica (in metagenomics).
  • Kennis van metagenomische sequencing, bio-informatica en analyse van microbiële gemeenschappen.
  • Ervaring in data-analyse, rapportage en projectbeheer.

Duur

Dit stageproject duurt 20-30 weken en omvat een gestructureerde tijdlijn voor literatuuronderzoek, experimenteel werk, data-analyse en rapportage. De startdatum van het project is 3 februari 2025.

Begeleiding

De stagiair wordt begeleid door ervaren onderzoekers en professionals in biotechnologie en bio-informatica (MNEXT-Smart Fermentation, Bazante Sanders en Tim Verschuren). Er zijn regelmatige voortgangsbesprekingen en ondersteuning om de succesvolle voltooiing van de projectdoelen te waarborgen.

Meer informatie? Neem contact op met:

Tim Verschuren

Mail t.verschuren3@avans.nl Solliciteer direct

Meer vacatures

Bio-informatica: Vergelijkende genomica van een exotische ethanol-tolerante giststam
Breda
Stage
Van Boerderij naar Energiepositieve Woning: Een Circulair Renovatieplan
Breda
Stage
Onderzoek en Ontwikkeling van een AI-Kennisomgeving
Breda
Stage