Projectbeschrijving
- Literatuuronderzoek en theoretische achtergrond:
- Begrijpen wat PHA is.
- Inzicht krijgen in ONT-sequencing en de verschillen tussen volledige metagenomische sequencing en 16S rRNA-gensequencing.
- Basiskennis opdoen over bacteriële gemeenschappen.
- Bio-informatica-analyse:
- Uitvoeren van kwaliteitscontrole op alle sequencedata, gebaseerd op literatuur.
- Analyseren van de metagenomics-data en begrijpen van de bestaande pijplijn.
- Ontwikkelen van een eigen 16S-pijplijn en vergelijken van bestaande 16S-tools.
- Interpreteren van sequencedata met bestaande en nieuwe bio-informatica-tools om de bacteriesoorten te identificeren.
- Vergelijkende analyse en rapportage:
- Vergelijken van de prestaties van de metagenomics- en 16S-pijplijnen op basis van efficiëntie, tijd en inhoud van de microbiële gemeenschap.
- Documenteren van experimentele procedures, resultaten en analyses in een gedetailleerd projectrapport.
Verwachte resultaten
- Een pijplijn voor een beter begrip van microbiële gemeenschappen (uit PHA-monsters) via 16S.
- Een vergelijking van de 16S- en metagenomics-pijplijnen.
- Een uitgebreid projectrapport met aanbevelingen voor de beste pijplijn.
Vaardigheden en competenties die worden opgedaan
- Praktische ervaring met bio-informatica (in metagenomics).
- Kennis van metagenomische sequencing, bio-informatica en analyse van microbiële gemeenschappen.
- Ervaring in data-analyse, rapportage en projectbeheer.
Duur
Dit stageproject duurt 20-30 weken en omvat een gestructureerde tijdlijn voor literatuuronderzoek, experimenteel werk, data-analyse en rapportage. De startdatum van het project is 3 februari 2025.
Begeleiding
De stagiair wordt begeleid door ervaren onderzoekers en professionals in biotechnologie en bio-informatica (MNEXT-Smart Fermentation, Bazante Sanders en Tim Verschuren). Er zijn regelmatige voortgangsbesprekingen en ondersteuning om de succesvolle voltooiing van de projectdoelen te waarborgen.