Doel van het project
Het hoofddoel van dit project is het optimaliseren en uitbreiden van de CRISTOFF-pipeline zodat deze in staat is om inserties op en buiten het doelgebied te detecteren in Nanopore-sequencingdata.
Verwachte resultaten
Het project zal leiden tot een geoptimaliseerde CRISTOFF-pipeline die zowel inserties, deleties als kleinere genetische variaties kan analyseren binnen CRISPR-Cas9 strain improvement toepassingen. De resultaten worden gevalideerd met behulp van zowel interne als publiek beschikbare sequencingdatasets om de gevoeligheid, specificiteit en algehele prestaties van het vernieuwde platform te beoordelen. Dit draagt bij aan een hogere nauwkeurigheid en betrouwbaarheid van CRISPR-gebaseerde genetische modificaties, verkleint de kans op ongewenste mutaties, en levert een robuuster controlesysteem op voor precision fermentation.
Vaardigheden en competenties
1. Bioinformatica
-
Praktijkervaring met Oxford Nanopore-sequencingdata
-
Inzicht in genome-wide CRISPR-Cas9 technieken, inclusief on-target en off-target mutatie-analyse
-
Vaardigheid in het gebruiken en optimaliseren van bioinformatica-pijplijnen zoals CRISTOFF
2. Data-analyse en interpretatie
-
Sterk analytisch vermogen in het detecteren van genetische variaties zoals inserties, deleties en SNPs
-
Ervaring met het vergelijken van bioinformatica-algoritmes op nauwkeurigheid, gevoeligheid en efficiëntie
3. Algoritmeontwikkeling en optimalisatie
-
Vaardigheid in het verbeteren van algoritmes voor sequencingdata
-
Kennis van statistische methodes om detectie van genetische veranderingen te verbeteren
4. Onderzoek en documentatie
-
Ervaring met wetenschappelijk onderzoek, inclusief experimenteel ontwerp, dataverzameling en verslaglegging
-
Vaardigheid in het helder en gestructureerd documenteren van methodes en resultaten voor stakeholders
Startdatum en vergoeding
September 2025. De afstudeerstage duurt ongeveer 20–30 weken, afhankelijk van de diepgang van het onderzoek. De stagiair ontvangt een stagevergoeding van €350,- per maand.
Begeleiding
De stagiair wordt begeleid door ervaren onderzoekers en professionals in de biotechnologie en bio-informatica (MNEXT – Smart Fermentation, Tim Verschuren en Bazante Sanders), met regelmatige voortgangsgesprekken en ondersteuning om de projectdoelen succesvol te behalen.