Doel van het project
Het doel is om via vergelijkende genoomanalyse de genetische basis van het verbeterde fenotype van deze nieuwe giststam te achterhalen. Met bio-informaticatools worden de genoomsequenties van deze stam vergeleken met verwante gistsoorten om genetische verschillen op te sporen die bijdragen aan stressresistentie en bio-ethanolproductie.
Projectomschrijving
1. Literatuurstudie en theoretische basis
-
Verdieping in bio-ethanolproductie, fermentatie-uitdagingen en de behoefte aan stressbestendige giststammen.
-
Bestuderen van vergelijkende genomica, genoomsequencing en functionele genoomanalyse.
-
Inzicht krijgen in genetische factoren die bijdragen aan stressbestendigheid bij gisten.
-
Overzicht van huidig onderzoek naar de genetica van Saccharomyces cerevisiae en andere gistsoorten.
2. Bio-informatica-analyse
-
Uitvoeren van kwaliteitscontrole op genomische data.
-
Assembleren van het genoom van de nieuwe giststam en vergelijken met verwante soorten.
-
Gebruikmaken van vergelijkende genomica-tools om stressgerelateerde genen te identificeren.
-
Annoteren van het genoom en opsporen van ethanol-tolerante genen.
3. Vergelijkende analyse en rapportage
-
Vergelijken van genoomsequenties en analyseren van genen en routes die het verbeterde fenotype verklaren.
-
Functionele annotatie uitvoeren om de rol van kandidaatgenen te voorspellen.
-
Resultaten en methoden documenteren in een projectrapport.
Verwachte uitkomsten
-
Inzicht in genetische verschillen tussen de nieuwe giststam en verwante soorten.
-
Identificatie van genen of metabole routes die bijdragen aan verhoogde ethanolresistentie.
-
Rapport met mogelijke strategieën of genetische aanpassingen voor verbeterde bio-ethanolproductie uit melasse.
Vaardigheden en competenties
-
Praktische ervaring met bio-informaticatools voor genoomanalyse en vergelijkende genomica.
-
Kennis van gistgenetica, genannotatie en functionele genomica.
-
Vaardigheid in het analyseren van genoomdata en interpreteren van sequentieverschillen.
-
Ervaring met het opstellen van wetenschappelijke rapporten en presenteren van onderzoeksresultaten.
Startdatum en vergoeding
Start in september 2025. De afstudeerstage duurt ongeveer 20–30 weken, afhankelijk van de onderzoeksomvang. De stagevergoeding bedraagt €350,- per maand.
Begeleiding
De stagiair wordt begeleid door ervaren onderzoekers van MNEXT–Smart Fermentation (Bazante Sanders en Tim Verschuren), met regelmatige voortgangsgesprekken en ondersteuning om het project succesvol af te ronden.